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张仲景撰《伤寒杂病论》一书，将伤寒与杂病分而论之，有其深意。伤寒以六经统之，杂病以脏腑辖之，二者不可混淆。伤寒所论六经乃为杂病脏腑之表，杂病所论脏腑乃为伤寒六经之里，六经在人体属于气的系统，属于无形的层次；脏腑在人体属于器的系统，属于有形的层次。六经在时间上为先，脏腑在时间上为后；六经发生较早，脏腑发生较晚；六经病变规律性较强，脏腑病变规律性较弱。总之六经与脏腑既有很多的不同之处，也有许多互相联系的地方，不可截然分开。
《伤寒论·伤寒例第三》曰：“若三阴三阳五脏六腑皆受病，则荣卫不行，脏腑不通，则死矣”三阴三阳即六经，经文言“皆受病”，皆，《说文》释为俱词也，并义，表明仲景是将六经与脏腑并列而言，六经与脏腑都受病，六经病则荣卫不行，脏腑病则不通，六经与脏腑并不是一个概念，而是人体生理状态下的两种存在，其在时空上具有很大差别。但是中医学经常将二者并提，尤其在针灸经络方面比较明显，如有太阳膀胱、阳明胃、少阳胆、太阴脾、少阴肾、厥阴肝等说法，并且通常二者可以互相替代，如言太阳，则膀胱之意已蕴其中，如言胆，少阳之意则含其中。但是在研究《伤寒杂病论》的时候，则不应将六经与脏腑混淆。六经就是六经，与脏腑不能等同，脏腑就是脏腑，不能替代六经。
《伤寒论》以六经病为主，《金匮要略》以脏腑病为主。六经因其属于气的层次，而气具有一元性，同时升降出入，无处不到，五脏六腑、四肢百骸皆为其循属之地，此又决定了六经病在规律性的基础上富有较大的变化性。六经病的规律性主要表现在六经病的发生发展变化方面，譬如疾病的传变多为由阳入阴，由表及里，由上到下，由浅入深。由太阳经证到太阳腑证，由太阳表证到少阴里证，由阳明腑证到少阴脱证。六经病的变化性主要表现在每一经病都有自己完全不同的病变规律，如太阳病分经腑，阳明病多燥热，少阳病寒热兼，太阴病寒湿滞，少阴病水火化，厥阴病厥证多。脏腑杂病因其属于器的范畴则缺乏规律性，更多的是个性，其疾病的发生发展是建立在气的逆乱基础之上，是六经病气化失常进一步发展的结果。
故而六经病可以说是疾病的共性特征，而脏腑杂病则是疾病的个性突变。六经是更广层面的对疾病的理解，脏腑是更细层面对疾病的认识，二者不可偏废，六经是病，脏腑是证，六经是五脏六腑的门户。张洪钧认为《伤寒论》的三阴三阳，就是指营卫津液、气血阴阳的多少及运动变化，即气化状态。三阴三阳依时间进程而休旺交替，又按一定空间分布规律同时存在于人体。笔者觉得这种认识恰如其分的表达了六经属气的层次的含义，六种气化状态同时存在于人体，构成人体“天”的六大生理系统。即营卫的运动变化主要属太阳，太阳主要存在于人体外层、上焦，即皮毛、督脉、太阳经脉、肺与心；气血津液的运动变化主要属少阳、阳明，这两种气化状态主要存在于人体中层，即六腑及其经脉，肌肉。其中少阳气机向上向外，相对于太阳之“表”，有由“里”出“表”的气机，故曰“半表半里”；阳明气机肃降，即使气向里向下敛降，故阳明相对于太阳之“表”曰“里”，而对于整个人体来讲，三阴的存在部位才是里层。阴阳的运动变化主要属三阴，三阴主要分布于下焦、里层，其中少阴主要存在于人体最里层，如肾；太阴为由阳转阴，气机向内向下，厥阴为由阴转阳，气机向外向上，其气化状态存在于少阴之外，三阳之里。所以六经病其实是中医气一元论在人体生理病理方面的最好诠释。
脏腑病则是具体功能的失常，它是有形可征的，是天之六气与人体之五行六气相抟而成，因人各有禀赋不一，所以所生脏腑病与六经有所不同，如果说六经是外围的共有病变，那么脏腑病就是内部核心的独特病变。脏腑内部的病变更加接近本质，是被人体脏腑同化了的营卫气血津液阴阳的病变。所以在治疗上，二者即有相似又有不同，伤寒的方子可以治疗杂病，杂病的方子对于伤寒也有很好的疗效，关键在于对六经与脏腑的认识。只有对二者的关系有所领悟，临床才能真正做到“观其脉证，知犯何逆，随证治之”。
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