过去学者们一直认为，艾滋病病毒进入人体后，长期潜伏起来，处于相对静止的状态。科学家们还曾经费了很大的劲研究哪些条件能“唤醒”或激活这些“沉睡”的艾滋病病毒。临床上将这段数月至数年不表现症状的时期称为潜伏期。近年的研究在这个问题上有了突破性的发展。
欧美的两个研究小组对刚刚感染艾滋病病毒的人进行血液和淋巴组织检查时，发现淋巴结中有大量的艾滋病病毒，而血液中却很少发现它们的踪影。因此，认为艾滋病病毒侵入人体的初期，集中在人体免疫系统的关键部位—淋巴结中。它们在淋巴结中并不是销声匿迹地休眠，而是十分活跃地进行复杂的顺序活动。最容易被艾滋病病毒感染的宿主细胞如巨噬细胞、单核细胞、血管内皮细胞、B淋巴细胞、脑细胞或肠黏膜细胞等也可以被感染。艾滋病病毒一旦侵入T4淋巴细胞，就不断地复制繁殖，破坏所寄生的细胞，直到越来越多的淋巴组织感染，导致整个免疫系统崩溃，使病人丧失抵抗力，即便是致病力很低的微生物的感染，也能置患者于死地
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