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据记载，唐、宋时期在太常寺设有太医署或太医局。辽也设有太医局，金朝开始称太医院。元代的太医院已经成为独立机构，负责医疗、制作御药。明代太医院则已经有了分科。
那么，古代的医院什么样呢？《清史稿·职官志》中有关于太医院的记载：
太医院的大夫分四个级别：第一等叫御医，只有十三人。雍正乾隆时期为七品，和县令一个级别。第二等称为吏目，只有二十六人，八品与九品各十三人。第三等叫医士，共二十人，为九品。第四等叫医生，有三十人，无品。
清代太医院设于顺治元年（1644年），在京城正阳门以东的东交民巷西口的一个大院里。太医在这里办公、学习。后来由于《辛丑条约》的签订，东交民巷被划归使馆区，因此在地安门外另建了太医院。清太医院为独立的中央医疗机构，为帝后及宫内人员看病、制药，也担负其他医药事务。太医院中的官吏和医务人员均称为太医，而且都是汉人。
明清的太医院，兼具卫生部、总医院、医学院和保健局四种功能。
太医院的药物以中医药为主。康熙三十二年（1693年）五月，康熙帝因患疟疾，服用法国传教士洪若翰等进的金鸡纳霜（奎宁）而病愈。光绪二十四年（1898年），法国驻华公使馆多德福医生曾为光绪帝诊病开药。
太医院设药房，药房设药库储存药材。药材按定例给价，由药商采办，内药房医生切造炮制。清宫药房名目繁多，如御药房、寿药房、东药房、西药房、内药房、外药房、乾清宫药房、武英殿露房、长春宫药房、永和宫药房等。有储药、煎药、配制药品等职能。
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